progs.shtml - Моя оранжевая комната

Программы

Здесь собраны ссылки на мои программы и программы, которые мне интересны.

Мои программы

Скрипты, написанные мной на Tcl/Tk для автоматизации работы программы HyperChem, предназначенной для квантово-химических расчетов. Скрипты писались на скорую руку, поэтому кое-какая функциональность в них может быть упущена... Но на то они и скрипты - правьте на здровье.

Внимание! Все скрипты, кроме BCFGUI.tcl, нужно запускать из HyperChem-а (через меню Script -> Open Script...)!

barier_calcGUI.tcl: Позволяет получить зависимость энергии связи молекулы при изменении длины одной связи. На каждом шаге проводит оптимизацию геометрии (или одиночный расчет - single point) молекулы при фиксированном значении длины связи и ограничивающей ее силы. Задаются начальная и конечная длина связи, шаг изменения длины и сила. Данные сохраняются в текстовый файл.
BCFGUI.tcl: Может быть запущен независимо от HyperChem-а. Извлекает из HIN-файла с молекулой заряды атомов и длины связей и сохраняет их в файл. Также создает скрипт для построения этих данных с помощью gnuplot-а.
get_imgs_in_dir.tcl: Создает BMP изображения молекул для всех HIN-файлов, находящихся в текущей папке и конвертирует их в PNG изображения при помощи утилиты NConvert из проекта XnView. Для запуска скрипта нужно сначала открыть любой из файлов.
HC_serial_calc.tcl: Выполняет оптимизацию геометрии для всех HIN-файлов в текущей папке. Для запуска скрипта нужно сначала открыть любой из файлов.
hin2xyz.tcl: Сохраняет координаты молекулы, открытой в HyperChem в формате XYZ.
PESurf.tcl: Позволяет рассчитать поверхность потенциальной энергии для системы, открытой в HyperChem. Перед выполнением расчета необходимо сначала сделать именованное выделение той части системы, которую вы хотите двигать, а также выбрать метод расчета и его опции.

HCext - небольшой обработчик ext-файлов программы HyperChem для квантово-химических расчетов. HCext позволяет сохранить в отдельный файл частоты и интенсивности линиий спектров, а также получать сглаженные спектры, близкие по виду к экспериментальным. Ext-файл можно создать по окончании расчета в HyperChem, если выбрать пункт меню "File | Export...", а затем указать, что экспортировать в файл - орбитали, дипольный момент, УФ-спектр, ИК-спектр. На примере скриншота опишу последовательность действий:

Выбираем входной файл.
Указываем, какие значения сохранить в отдельный файл. Например, энергии орбиталей и кратности их вырождения. Значения сохраняются в два столбца - абсциссы и ординаты.
Задаем расширение выходного файла, если не устраивает предложенное.
Указываем надо ли рассчитать и сохранить сглаженный спектр. Линии сглаживаются по Гауссу. Можно изменить параметры сглаженного спектра и расширение выходного файла. Например, мы можем получить плотность состояний (DOS), чтобы потом сравнить ее с экспериментальным фотоэлектронным спектром (PES).
Указываем галочкой, нужно ли создавать командный файл для gnuplot, чтобы построить извлеченные данные. Командный файл имеет расширение plt.
Жмем кнопку "Старт". Получаем файлы с тем же именем, что и входной, но с разными расширениями. Например, C59B2-14.orb, C59B2-14.out и C59B2-14.plt.
С помощью gnuplot запускаем файл C59B2-14.plt и наслаждаемся картинкой теоретической плотности состояний.

Gnuplot2D - оболочка к gnuplot для быстрого построения графиков функций и графиков данных, своеобразная панель управления gnuplot.

Article Index - скрипт для быстрого создания оглавления ps и pdf-файлов на жестком диске. Если у вас так много pdf-файлов, разложенных по папкам, что вы уже не помните их содержание, то в каждой папке можно легко создать такое оглавление: index.htm. Оглавление состоит из jpeg-картинок, каждая из которых - это изображение верхней части первой страницы каждого pdf-файла.
Инструкции по работе со скриптом.

Скрипт состоит из трех файлов: artidx.bat, art0step.bat и art1stetp.bat.
Положите их в одну из папок, указанных в переменной среды PATH, или добавьте путь к этим файлам в эту переменную.
установите Ghostscript и добавьте в PATH путь к его исполняемым файлам. Ghostscript нужен, чтобы конвертить первую страницу pdf-файла в jpeg-изображение.
установите NConvert - утилиту для пакетной обработки графических файлов. Она необходима, чтобы полученный jpeg обрезать снизу и сжать по разрешению и качеству. Ее можно скачать отдельно, либо вместе с Xnview - фриварным просмотрщиком картинок.
Выполните пункт 2 по отношению к NConvert.
Скрипт готов к работе. В Far'е или Total Commander'e зайдите в папку, в которой хотите создать оглавление, запустите artidx. Он создаст файл index.htm и папку img, в которую положит изображения первых страниц. В начале файла index.htm находятся ссылки на вложенные папки (кроме папки img) далее картинки со ссылками на файлы, лежащие в данной папке.
После добавления новых pdf-файлов в папку запустите повторно artidx. Он добавит ссылки на них в index.htm и изображения в папку img.
Если вы добавили новую вложенную папку, то вам нужно вручную в index.htm прописать ссылку на нее. Это минус, но небольшой, поскольку новые папки создаются гораздо реже, чем файлы. Простейший способ автоматизировать добавление ссылки на новую папку - подшаманить скрипт, чтобы он каждый раз все заново создавал - и файл index.htm, и папку img... Но стоит ли тратить время и ресурсы?

Скоро добавлю еще программ...

Gnuplot - великолепная программа для построения графиков. Работает в режиме командной строки - пишешь чего-нибудь навроде plot sin(x) или plot "datafile.dat" with lines и оно строит (см. скриншот). Скопировал в буфер, воткнул в Word и редактируй как обычный рисунок. Для более продвинутых можно вывести не на экран, а в файл формата postscript, png, emf, gif, pdf, cgm и т.д. Скачать... Подробнее...

GhostScript и к нему соответствующий GhostView. Ghostscript - это пакет софта, который включает в себя интерпретатор языка PostScript^TM и Adobe Portable Document Format (по возможностям напоминает Adobe'вский Acrobat -- просмотрщик и редактор PDF). Короче говоря, Ghostscript может читать файлы PostScript или PDF и отображать их с помощью, например, GhostView на экран или конвертить во все что угодно.

С помощью Ghostscript и Ghostview я конвертил eps-графику, полученную с помощью gnuplot в растровый формат (png) - получались графики высокого полиграфического качества.

MikTeX - лучший дистрибутив ТеХа под Винды. Не надо заморачиваться с настройками - поставил и работает.

Corel Xara - the best векторный редактор. Весит на порядок легче, чем Corel Draw, а по функциональности его более чем достаточно для научной графики и для веба. Куча фильтров для экспорта своих шедевров во все что угодно.

htm2chm - очень полезная штука. Программа позволяет преобразовывать как отдельные HTML страницы с рисунками, так и целые сайты (например, скачанные offline браузерами) в один CHM файл (открывается стандартными средствами Windows) для того, чтобы их было удобней хранить. Конвертер автоматически сжимает файлы в процессе компиляции.

Far - файловый менеджер, очень удобный: 1) сходством с классическим NC и 2) офигительным разнообразием плагинов. Самые нужные из них - Colorer, калькулятор(ы), выделение мышью в редакторе (см. plugring.farmanager.com).